CBP Logo

COMPUTATIONAL BIOPHYSICS

UNIVERSITY OF TWENTE
THE NETHERLANDS
welcome
people
highlights
research
publications
education
alumni
twentanglement
Briels trophy
downloads
vacancies
contact us
TN students CT students AT students master students

Verplichte vakken

Statische fysica (141002)
docenten: W.J. Briels en T.A Hunt
literatuur: dictaat statistische fysica, W.J. Briels en J.T. Padding (786)
vorm: hoor- en werkcolleges
examen: schriftelijk, dictaat niet toegestaan
studiepunten: 5 ECTS
jaar: d2, 3e en 4e kwartiel
voorkennis:
noodzakelijk:energie en entropie (140301)
gewenst:quantumverschijnselen (141001)
klassieke mechanica (141127)
inhoud: Een van de belangrijke aspecten van de moderne fysica is het leggen van de link tussen de thermodynamische en microscopische eigenschappen van een macroscopisch systeem. In dit vak wordt de statistische fysische basis van de thermodynamica gelegd. Aan bod komen onder andere een microscopisch begrip van entropie en irreversibiliteit. Er wordt bekeken hoe thermodynamische functies en fluctuaties berekend kunnen worden uit de klassieke en quantum mechanische interacties tussen deeltjes. Vaak kan dit niet analytisch en zullen computers ingezet moeten worden. Dit vak biedt daarom ook een inleiding in de moleculaire dynamica techniek.
downloads:
Tentamen
Uitwerking
25 januari 2007
pdf
pdf
3 april 2007
pdf
pdf

Computational physics (140708)
docent: W.K. den Otter
literatuur: De opdrachten verschijnen op blackboard
vorm: computerpracticum
examen: verslagen van de opdrachten
studiepunten: 2.5 ECTS
jaar: d2, 4e kwartiel
voorkennis: algoritmen en programmeren (154026)
inhoud: De laatste halve eeuw heeft de computer een snelle opmars gemaakt in het natuurkundig onderzoek. Theoretische modellen die we niet exact kunnen oplossen worden tegenwoordig routinematig op een computer doorgerekend en geanalyseerd in "computer experimenten". Daarnaast zijn computersimulaties nuttig bij de interpretatie van experimentele gegevens, of zelfs als vervanging van het experiment. In dit vak maakt de student kennis met de mogelijkheden van computersimulaties door een aantal eenvoudige, doch verrassend complexe, problemen te bestuderen met zelf-geschreven programma's in matlab. De onderwerpen komen uit de mechanica, statistische fysica, quantum mechanica en de optica, waarbij voor elk onderwerp een andere simulatietechniek gebruikt wordt.

Elective courses

Biological soft matter (357000)
lecturer: W.K. den Otter
literature: Physical Biology of the Cell
by R. Phillips, J. Kondev and J. Theriot
Garland Science / Taylor & Francis Group (ISBN 978-0-8153-4163-5)
format: Guided self study or lectures, depending on the number of attendees. The kick-off meeting will be held on Monday 9 November, 10:45, in room horstring zuid 126.
exam: Assignment or literature presentation.
credits: 5 ECTS
year: b3 & m, 2nd quarter
contents: Soft matter, i.e. matter dominated by interactions in the thermal energy range, comes in a great variety of forms, ranging from simple atomistic or molecular liquids to polymers, colloids, micelles, liquid crystals and lipid membranes. The aim of this coarse is to understand how the structural and dynamical properties of soft matter result from the interactions between the constituent particles, with special interests for the numerous examples of biological soft matter found within living cells.

General relativity (357004)
lecturer: W.J. Briels
literature: lecture notes General Relativity and Gravitation, W.J. Briels
format: Guided selfstudy or lectures, depending on number of attendees.
exam: mondeling
credits: 5 ECTS
year: b3 & m, 4th quarter
contents: Assuming invariance of spherical waves when transforming Cartesian coordinates from one inertial frame to another, we derive the Lorentz transformations and subsequently develop all of special relativity. Next we formulate the resulting physics using general, non-Cartesian coordinates, and explore most of the tensor analysis needed for the mathemetical formulation of general relativity. We argue that gravity should be taken into account in terms of a curved space-time and describe the physics of Schwarzschild geometry, paying attention to the classical tests of general relativity. Next we describe the Riemann theory of curvature and arrive at Einsteins equation, which governs the space-time metric. In the last part of the course we delve into cosmology or gravitational waves.